Konan, cuando era niña, quedó huérfana después de la muerte de sus padres a causa de la Segunda Gran Guerra Ninja. Un tiempo después, Yahiko la encontró, ambos se unieron y trabajaron juntos para sobrevivir. Un día ella se encontró con Nagato tirado en el suelo muriéndose de hambre, ahí ella le ofrece un pedazo de pan causando que después lo llevara a él y a su mascota (Chibi) al refugio para que se uniera a su noble causa. Después de un tiempo se encontraron con los legendarios Sannin , en donde ellos le piden comida, en el momento en que los shinobis deciden irse, los niños los siguen y Konan les entrega una flor hecha con la envoltura de papel de la comida. Entonces Yahiko les pide a los shinobis que les enseñen Ninjutsu, uno de los ninjas llamado Jiraiya se compadeció de ellos y decide entrenarlos hasta que pudiesen cuidarse solos. Durante su niñez fue considerada por Jiraiya como la más amable de los tres y Origami
El Primer Origami de Konanreconocida por su excelente manejo con el origami.
Los años pasaron y Jiraiya los dejó después de 3 años por su propia cuenta y los huérfanos llegaron a formar una organización a mando de Yahiko, pero llego un momento en que sus acciones alertan al líder de su aldea ya que quizás ellos podrían derrocar su gobierno.
Huerfanos de la Lluvia
Huerfanos de la Lluvia.
Por eso Hanzō, el líder de Amegakure, utilizó como escusa formar una asociación con dicho grupo para poder traer la paz a su pueblo, pero resultaba que el día de la reunión, Konan es secuestrada por el Amekage para utilizarla como amenaza si Nagato no mataba a su líder. Aunque ella gritaba que se salvaran ellos, Yahiko se suicida con el kunai que sostenía Nagato; al final es salvada por este, se une a Akatsuki y decide tomar el mando de su pueblo junto con su compañero Pain.