En algún momento hasta ahora desconocido de su infancia, Madara Uchiha le concedió a Nagato el Rinnegan, los ojos originales del Uchiha, sin que el chico se diera cuenta, ya que según él, Nagato, por ser descendiente del Clan Uzumaki, tiene linaje por parte del Clan Senju, haciéndolo el único ser además de Madara en poder invocar la Estatua Demoníaca del Camino Exterior, indispensable para el Plan Ojo de Luna. Durante la Segunda Guerra Shinobi, Nagato vivía con sus padres en un pueblo cerca de Amegakure. Un día, dos ninjas de Konohagakure irrumpieron en su casa en busca de comida, sin saber que el lugar estaba habitado. Los padres de Nagato, creyendo que iban a ser asesinados, atacaron a los dos ninjas para que Nagato pudiera escapar. Uno de esos ninjas de Konohagakure mató a sus padres. En su dolor, Nagato despertó su Rinnegan y asesinó a los ninjas de Konohagakure. Consideró este incidente, como el primer gran dolor de su vida. Huerfanos de la Lluvia
Huérfanos de la Lluvia.Después de que su familia muriera, Nagato vagó por el país, yendo de casa en casa pidiendo comida. Con el tiempo encontró a un perro llamado Chibi y más tarde a Konan y Yahiko, quienes comenzaron a viajar con él en su búsqueda de alimento. Un día, Chibi murió por el fuego de la lucha de Hanzō contra los Sannin. Nagato lloró su muerte y se prometió a sí mismo que iba a cambiar el mundo. Cuando la guerra terminó, los tres huérfanos se encontraron con los Sannin. Jiraiya, en lugar de regresar a Konohagakure junto con sus compañeros, decidió enseñarles a los tres a cuidarse así mismos.
Poco después de que comenzaran a vivir con Jiraiya, Nagato y Yahiko fueron atacados por un ninja de Iwagakure. Nagato involuntariamente reactivó su Rinnegan para defender a Yahiko, matando al ninja invasor. Cuando Jiraiya se enteró de esto, decidió enseñarles ninjutsu. Nagato le pidió ayuda a Jiraiya para que pudiera proteger a Konan y Yahiko. La respuesta de Jiraiya para Nagato era crecer y usar sus ojos para encontrar la paz que tanto desea para el mundo. Tres años más tarde, los huérfanos se habían convertido en ninjas competentes, por lo que Jiraiya se vio en la necesidad de regresar a Konohagakure.
En algún momento de su juventud, junto a Yahiko y Konan, tuvieron un encuentro con Obito Uchiha, quien exclamó ser Madara Uchiha y declaró que Nagato era la reencarnación de el Sabio de los Seis Caminos, que traería estabilidad al mundo, que mientras las aldeas grandes brillan, Amegakure muere en sus sombras y que por eso ha podido despertar el Rinnegan, ofreciéndole unirse a su “organización” cuya misión era entrenar al poseedor de esos ojos. Yahiko se interpone entre ellos diciéndole que no pueden hacer eso, que iba en contra de sus ideales, para acabar yéndose junto a Konan y a Nagato, mientras les dice a Obito y a Zetsu que no vuelvan a acercarse a ellos. Antes de irse, Obito insiste a Nagato alegando que un día también se dará cuenta de cuál es su verdadero deber, afirmando que irá a ese sitio cada día a la misma hora.
Segundo Dolor de Nagato
Nagato después de ver la muerte de Yahiko
Con los años, las noticias y hazañas de los tres llegarían a Jiraiya. Más que nada eran noticias sobre la muerte de cada uno debido a que alguien se les oponía, posteriormente recibiría la noticia de que los tres habían muerto. En realidad, Nagato, Konan y Yahiko comenzaron una búsqueda para encontrar la paz. Se convirtieron en ninjas reconocidos de Amegakure y reunieron seguidores que compartían sus ideas sobre el fin de las guerras. El líder de Amegakure, Hanzō, veía al grupo como una amenaza a su posición como líder y conspiró junto con Raíz de Konohagakure para eliminarlos. Nagato, Yahiko y Konan fueron emboscados por parte de Hanzō, obligando a Nagato a elegir entre matar a Yahiko o Konan. Yahiko, sin querer forzar a Nagato para hacer su elección, se incrusta el kunai que Nagato tenía en su mano. Con su último aliento, Yahiko le dijo a Nagato, que creía en las palabras de Jiraiya en que se convertiría en el salvador del mundo. Este se convertiría en el segundo gran dolor de la vida de Nagato.
Devastado, Nagato logra recuperar a Konan y al cuerpo de Yahiko, y lanza un ataque a todos los hombres de Hanzō. Con la Invocación: Estatua Demoníaca del Camino Exterior fue capaz de matar a todos, excepto a Hanzō. Sin embargo, el jutsu de Nagato lo daña en su parte izquierda del cuerpo, incrustando numerosas barras de chakra en su espalda. Después de esto, rompe su lealtad a Amegakure rasgando el símbolo de su protector, para demostrar al mundo su dolor. Más tarde, el cuerpo de Yahiko sería usado para el Camino Deva.
Tras renombrarse con el alias “Pain”, Nagato reúne fuerzas para combatir contra Amegakure, tomando el control de la misma y asesinando a Hanzō y a todo aquel que tuviera relación con él. Posteriormente ayudaría a Tobi con la fundación de Akatsuki, utilizando a Amegakure como su base de operaciones.
