La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi (el villano enmascarado) lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para obtener a Kyubi, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes tienen gustos, vestimentas, comportambientos, personalidades, habilidades y hasta apariencias distintas, sin embargo todo esto es bajo un Genjutsu en el que están inmersos Sakura y Naruto (el cual ha sido ejecutado por tobi).
La película comienza con los sucesos resumidos de cuando Tobi invoca al Kyubi en medio de Konoha causando una gran destrucción. En otro lugar el Cuarto Hokage Minato pone a salvo a Kushina junto a Naruto recién nacido, Minato se prepara para pelear contra el Kuybi. Dieciséis años más tarde los once de Konoha junto con Kakashi y Guy preparan una emboscada contra los ataksuki (los cuales en realidad son Zetsus blancos) pero Naruto no sigue el plan e inicia la batalla contra todos los de Akatsuki aunque no estaba presentando ninguna desventaja, los demás dejan el plan y se unen a la pelea apartando a Naruto. Akatsuki inesperadamentese se retiran aunque claro dejando una trampa en la pierna de Naruto sin que nadie se diera cuenta, terminando la batalla, ya en Konoha Kakashi le lleva a Tsunade un brazo de Kakuzu con el cual intento atrapar por la pierna a Naruto.
Ya en la aldea, cada uno está celebrando con sus padres por lograr hacer retroceder Akatsuki y empiezan a hablar de querer subirles de rango, al mismo instante está Naruto viendo y escuchando todo eso, recordando la triste verdad, que no tiene a nadie, por lo que sigue su camino a casa deprimido y al entrar su depresión aumenta, por lo que decide irse al puesto de ramen con Iruka para hablar de lo mismo que los demás, cosa que termina en una gran discusión ya que Iruka no se había percatado de como se estaba sintiendo él, por lo que Naruto sale corriendo enojado y triste. En ese momento está Sakura discutiendo con sus padres y sale de su casa molesta, encontrándose con Naruto y llevándoselo para desahogarse en el parque, pero mientras ella estaba molesta porque sus padres le prestaban mucha atención y no la dejaban en paz, Naruto se estaba enojando porque precisamente eso era lo que él necesitaba, y justo cuando comenzaban a discutir se activa la trampa que tenía Naruto y aparece Tobi (Naruto y los demás pensaban que era Madara), los dos intentan atacarlo pero no logran hacerle nada, a lo que Tobi responde, alzando una esfera (roja como un sharingan) hacia el cielo y esta lanza un resplandor que no los deja ver, llevándolos al gensutsu.
Al abrir los ojos Naruto y Sakura se dan de cuenta que Tobi ya no esta, en ese momento aparecen Hinata, Shino y Kiba, por alguna razón Akamaru muerde a Kiba y se marcha, Hinata con otra personalidad amenaza a Sakura, después de marcharse ambos, Naruto y Sakura encuentran a Shikamaru, Choji e Ino quienes observan que Naruto y Sakura parecen extraños. Entonces les muestran los rostros de los hokages y observan que el cuarto hokage es el padre de Sakura. Mas sorpresivamente aparece Sasuke quien dice nunca abandono Konoha, todos entonces toman un baño, en el baño de mujeres Hinata se burla del busto de Sakura, mientras que en el baño de hombres Shikamaru actúa de manera precipitada, todo se convertirá en un caos cuando Lee cae del techo al baño de mujeres el cale es golpeado por Hinata cuando todos se visten la ropa de Lee se cae mostrando que tiene un traje de baño de mujer. Cuando todos se marchan Naruto y Sakura se despide y se marchan a sus casas, Naruto piensa, que al ser hokage el padre de Sakura, Minato y Kushina podrían estar vivos así que cuando llega a su casa vive una mujer la cual no conoce. en otro lugar Tobi habla con un muchacho enmascarado.
Al otro día Naruto y Sakura pretenden ir a ver a Tsunade cuando entran ven que Tsunade usa gafas y Shizune es mas bella y llaman a Naruto Menma, en ese momento aparecen Minato y Kushina, Naruto queda atónito al ver a sus padres en ese momento Kushina lo golpea. Tsunade ordena una misión que es recuperar un pergamino de Jiraiya. en la casa de Minato y Kushina Naruto se siente extraño pero entonces observa un álbum de fotos mostrando su nacimiento y como iba creciendo a través de los años. Al día siguiente parten hacia la misión Naruto, Sakura, Minato, Kushina, Kakashi y Guy. Al adentrarse observan que tienen que tener cuidado pero Naruto no hace caso y entonces aparecen Gamabunta, Gamahiro y Gamaken quienes no dejaran pasarlos, Naruto usa el modo ermitaño en ese momento Minato usa su jutsu de teletransportacion para obtener el pergamino ya completada la misión Naruto se da de cuenta del cariño de sus padres.
Ya en la aldea entregan el perganino a Tsunade y lo guardan en una boveda segura por la noche Naruto llega a la casa de sus padres y este se emociona. Mientras que en un templo el chico enmascarado habla con Tobi el cual en realidad no esta Más tarde, estando Naruto y Sakura solos, comienzan a pensar que lo que estaba pasando no era real que no se tenía que acostumbrar. El hombre enmascarado con las Nueve Bestias Enmascaradas En ese momento una fuerte explosión se produce y ven a Tsunade herida y al hombre enmascarado junto con ciertas criaturas extrañas de su lado destruyendo Konoha. Comienzan a luchar, le preguntan dónde estaba Madara, el sujeto de sorprende porque lo conocían. Por alguna razón cuando Naruto peleaba con él, tenía una extraña sensación. Sin poder vencer, el sujeto enmascarado se retira tomando como prisioneros a muchos shinobis, incluyendo a Sakura.
Antes de irse, el hombre enmascarado utiliza el Dai Rasenringu y destruye gran parte de Konoha. Luego de la explosión, podemos ver a Kushina llorando sobre el cuerpo de Naruto, ya que muchos shinobis habían muerto durante la explosión. Sin embargo, Naruto se levanta y se encuentra bien. Naruto recuerda cuando Minato y Kushina se les presentaron en el mundo real. Ahí es cuando Naruto les dice la verdad. Les dice que no es de ese mundo, y que su padre es el cuarto Hokage, un héroe, que él tenía que ir. Su madre le pide que no vaya pero sin dudarlo se pone la túnica del cuarto Hokage que había quedado ahí por la explosión, y les dice que él es el hijo del héroe, tenía que ir. Llega Naruto a salvar a Sakura, y se encuentra con Madara, el hombre enmascarado, más sus criaturas. Naruto se pone a pelear como puede con el hombre enmascarado pero obviamente eran demasiados. Akatsuki, liderada por Itachi, ayuda a Naruto. No iba a poder ganar de no ser porque justo lo vinieron a ayudar nada menos que la organización que les dio tantos problemas en el mundo original. Akatsuki, liderada por Itachi Uchiha, ayuda a Naruto a pelear con estos sujetos. Salvando a Sakura, Naruto le pide a Itachi que la lleve a un lugar seguro. Y la pelea con el hombre enmascarado seguía. La misma sensación extraña que tenía Naruto la tenía el sujeto de la máscara. Para colmo, los jutsus que utilizaban eran similares solo que de diferentes colores, en este caso el Elemento Viento: Rasen Shuriken y el Dai Rasenringu. Para conseguir más poder este sujeto absorbe a las demás criaturas y luego revela su identidad. Él era la versión de Naruto de esa dimensión solo que tenía pelo oscuro, él era Menma. Y como Naruto, también era jinchuriki del Kyubi. Así que utiliza su poder para atacar a Naruto. Para no quedarse atrás, Naruto hace un trato con su propio Kyubi para que lo ayudase a pelear. Así que la batalla épica de los dos Kyubis había comenzado. Luego de un gran desgaste, Naruto gana la pelea. Superando incluso las expectativas de Madara, que no iba a rendirse tan fácil. Metiéndose al cuerpo de Menma lo controla y una nueva pelea comienza. Ese es el momento, según la profecía, para vencer al hombre enmascarado, Kyubi ve que los ojos de Menma eran los mismos de Madara y le advirtió de que no lo mire a sus ojos, él intento no hacerlo pero Menma se le acerca y lo mira a los ojos, entonces Naruto queda atrapado en un Genjutsu y no se puede mover.
Sakura trata de ir a protegerlo, pero sus habilidades no se equiparan al poder de Madara. Naruto dentro del Genjutsu comienza a recordar las palabras de su maestro Jiraiya durante un entrenamiento, como tenía que escapar de un genjutsu. En el momento en que Madara iba a matar a Sakura, Naruto la rescata y exactamente de la misma manera en que Minato vence a Tobi, tirando su Kunai de Espacio-Tiempo esperar que Madara lo traspase y así lanzarle un Rasengan, es como Naruto vence a Madara en ésta dimensión. Luego de vencer a Madara, el poder que éste ejercía sobre Menma desapareció, e hizo que el Menma verdadero saliera. Su pelo color oscuro hasta ese momento volvió a sus colores dorados normales. Minato y Kushina se emocionan al ver a su hijo verdadero. En ese momento Naruto y Sakura sabían que era tiempo de regresar. Luego de una despedida rápida comienzan a desvanecerse. Podemos ver una escena de Madara completamente furioso al haber estado tan cerca de conseguir al Kyubi y haber fallado. Cuando regresan, le explican a Tsunade lo que habían vivido. Más tarde caminando junto con Naruto, Sakura se encuentra con sus padres a los que recibe con un fuerte abrazo. Naruto le pregunta si quiere ir a una cita con él y ella le responde que acaban de tener la cita más larga que jamás ha existido. Cuando regresa Naruto a su casa, de vuelta a su vida solitaria, para sorpresa de él, lo estaba esperando Iruka junto con un gran pastel de cumpleaños, y éste lo recibe. A Naruto se le empiezan a caer las lágrimas de la emoción, pone una sonrisa muy grande.
